贵州医科大学前身为1938年建立的“国立贵阳医学院”，是当时全国最早直属国家教育部的9所高等医学院校之一，首任院长是来自北京协和医学院的中国早期热带病学专家、医学教育家李宗恩教授，在他的带领下，杨崇瑞、朱章赓、汤佩松、贾魁、杨济时、刘维德、洪谦、林绍文、侯宝璋、张孝骞、郭秉宽、王季午、朱懋根、李瑞麟、李漪、王志均等大批学术造诣精湛的国内知名专家学者云集国立贵阳医学院，使其被誉为当时的“小协和”，开创了贵州高等教育之先河。

1950年“国立贵阳医学院”更名为“贵阳医学院”并划归贵州省人民政府管理，1965年将“贵阳医学院中医系”划离另行组建“贵阳中医学院”；1981年成为全国第一批硕士学位授予单位；2003年，成为博士学位授予单位；2015年4月更名为“贵州医科大学”，是苏州大学、中国医学科学院 北京协和医学院对口支援高校。